自身免疫性疾病，如抗磷脂综合征和系统性红斑狼疮，会致使身体产生对抗自身组织的抗体。在试管婴儿过程中，这些抗体可能会攻击胚胎或胎盘，促成着床失败或早期流产。例如，抗磷脂抗体可以干扰血液凝固机制，增加血栓形成的风险，连锁反应下影响子宫内膜的血供，减少胚胎着床的机会。
成功怀孕的关键之一是母体免疫系统的适当调节，以避免对胚胎的排斥。如果免疫耐受失衡，母体的免疫系统可能会错误地识别胚胎为外来物质并发起攻击。这种免疫反应不仅会阻碍胚胎着床，还可能造成反复流产。研究表明，某些免疫细胞，如自然杀伤细胞和T细胞，如果过度活跃，会影响胚胎的发育和存活。慢性炎症状态，无论是由感染、疾病还是其他因素引起，都可能对试管婴儿过程产生不利影响。炎症反应会催生子宫内膜环境的变化，使其不利于胚胎着床。
补充说明，炎症介质如细胞因子和趋化因子的水平升高，可能会干扰胚胎的正常发育，降低妊娠成功率。为了管理免疫相关的问题，有时需要使用免疫遏制剂。然而，这些药物本身可能带来一系列副作用，如增加感染风险、影响肝肾功能等。长期使用免疫遏制剂还可能影响卵巢功能和卵子质量，进一步降低试管婴儿的成功率。心理压力也被认为会影响免疫系统的功能。试管婴儿过程中的高压力水平可能会招致免疫系统失调，增加自身免疫反应的风险。研究表明，心理压力可以改变免疫细胞的功能，影响激素水平，小编得到一个结果导致影响生殖系统的正常运作。
某些遗传因素也可能招致免疫系统异常，影响试管婴儿的成功率。例如，HLA不匹配可能促成母体对胚胎的免疫排斥。HLA系统在免疫识别中起着关键作用，如果母体和胚胎之间的HLA差异较大，免疫系统可能会将胚胎视为“非自我”而进行攻击。免疫系统和内分泌系统之间存在复杂的相互作用。免疫问题可能促成内分泌失调，如甲状腺功能异常，进而影响卵巢功能和卵子质量。甲状腺激素对生殖系统至关重要，其水平的异常波动可能影响月经周期和排卵，降低试管婴儿的成功率。
营养不良或特定营养素的缺乏也可能影响免疫系统的功能。例如，维生素D和Omega3脂肪酸对免疫调节有重要作用，缺乏这些营养素可能会增加免疫相关问题的风险，连锁反应下影响试管婴儿的结果。随着年龄的增长，免疫系统的功能逐渐下降，这被称为免疫衰老。对于高龄女性来说，免疫系统的老化可能加剧上述所有问题，进一步降低试管婴儿的成功率。高龄女性的卵子质量通常较差，免疫系统对胚胎的接受度也更低。